MONTRÉAL ? Des bactéries trouvées dans des excréments humains fossilisés et vieux de plusieurs centaines d'années intriguent des chercheurs qui se demandent si elles ne pourraient pas ouvrir de nouvelles avenues thérapeutiques pour soigner des maladies chroniques comme le diabète et l'obésité.

Des chercheurs américains rapportent dans la prestigieuse publication scientifique Nature avoir trouvé au Mexique et dans le sud-ouest des États-Unis huit échantillons d'excréments humains vieux de 1000 ou 2000 ans. Ces échantillons auraient été très bien préservés par l'environnement aride et désertique où ils ont été déposés.

«Ils ont voyagé dans l'histoire pour étudier le microbiome de gens d'il y a 1000 ou 2000 ans», a résumé le professeur Frédéric Raymond, de l'Institut sur la nutrition et les aliments fonctionnels de l'Université Laval.

«Comparer les différences comme ils ont fait dans leur étude donne des informations assez intéressantes qui vont un peu informer ce qu'on voit sur les gens maintenant en lien avec la santé.»

Les scientifiques américains ont été en mesure de reconstruire quelque 500 génomes microbiens, dont une soixantaine qui n'avaient jamais été vus dans des excréments humains auparavant.

Ils ont constaté que ces génomes ressemblaient de près au microbiome de certaines populations non industrialisées, comme des peuplades de Fidji, de Madagascar, du Pérou, de la Tanzanie ou encore du centre du Mexique.

Dans les deux cas, le microbiome semblait mieux adapté à la digestion de glucides complexes, qu'on retrouve en plus petites quantités dans l'alimentation industrielle moderne.

La composition du microbiome est en effet fortement influencée par l'environnement et par l'alimentation. Il n'est donc pas surprenant que le microbiome d'individus décédés il y a des centaines d'années, ou d'individus qui ne consomment pratiquement jamais d'aliments transformés, soit différent de celui des populations industrialisées.

Avenues thérapeutiques

Les experts réalisent de plus en plus l'ampleur et l'importance des interactions qui existent entre le microbiome intestinal et le reste de l'organisme. Cette interaction a été mise en cause en lien avec de multiples problèmes de santé, du diabète jusqu'à la maladie d'Alzheimer.

En d'autres mots, si ce qui se passe à Vegas reste à Vegas, ce qui se passe dans l'intestin ne reste pas nécessairement dans l'intestin.

Ces microbes «anciens» pourraient un jour être reconstitués en biologie synthétique et transplantés à des humains dans l'espoir de soulager des problèmes de santé comme le diabète, l'obésité ou des maladies immunitaires, espèrent les auteurs de la nouvelle étude.

«C'est très possible, a dit M. Raymond. Mais le meilleur microbiome, c'est celui qui est adapté à notre corps et celui qui a évolué avec nous. Ajouter une bactérie qui vient d'ailleurs pourrait être bon, au même titre qu'un probiotique peut être bon, mais on voit que les résultats avec les probiotiques sont un peu mitigés. Il n'y a pas beaucoup de cas où ça s'est avéré super efficace.»

Pour ajouter une bactérie qui améliorera la santé, il faut vraiment «qu'elle soit en bonne adéquation avec l'écosystème microbien de la personne qui la reçoit», a-t-il précisé.

«Possiblement que ces bactéries-là, pour les gens à cet endroit-là à cette époque-là, étaient vraiment bonnes pour eux, ajouté M. Raymond. Mais si on les donne à quelqu'un maintenant, peut-être que ça peut apporter quelque chose qui est manquant et qui va aider à la santé, mais peut-être que non, non plus.»

Pizzas, frites et hot dogs

On peut aussi supposer que ce microbiome ancien, s'il était un jour transplanté à un humain industrialisé moderne, ne resterait pas intact bien longtemps.
Confrontées aux pizzas, aux frites, aux hot dogs et aux autres aliments douteux qui se retrouvent parfois au menu, ces bactéries millénaires n'auraient d'autre choix que de se transformer.

«Il y a probablement des bactéries là-dedans ou d'autres microbes qui pourraient subsister, mais c'est certain que la communauté s'adapterait pour répondre à notre alimentation moderne», a prévenu M. Raymond.

Face à une alimentation nord-américaine ou méditerranéenne typique, poursuit-il, le microbiome ancien convergerait un peu plus vers celui des populations modernes. D'autant plus que le microbiome, loin d'être statique, change constamment, de semaine en semaine, de jour en jour, et parfois même d'heure en heure.

Chose certaine, la décision d'un lointain ancêtre de se soulager en plein désert il y a plusieurs siècles permet aujourd'hui aux chercheurs de réaliser des travaux fascinants et inédits.

Il n'est pas impossible qu'on trouve dans ces bactéries des portions de génome qui produisent des molécules inédites, ce qui pourrait mener au développement de nouveaux médicaments, «un peu comme les antibiotiques ont été isolés à partir de différents types de bactéries et moisissures», a dit M. Raymond.

Il ne serait donc pas obligatoire de faire appel à la biologie synthétique pour ressusciter des bactéries qui ont perdu leur place pour en retirer des bienfaits pour la santé humaine.

«Est-ce qu'on a besoin d'aller jusque là pour trouver des outils pour améliorer la santé?, a demandé en conclusion Frédéric Raymond. Il y a peut-être des fruits plus bas à cueillir dans l'arbre.»

Jean-Benoit Legault, La Presse Canadienne